Sofie får en dag et brev i posten fra filosofen Alberto Knox. Dette er begynnelsen på en lang brevveksling som starter med naturfilosofene. Omtrent midt i middelalderen treffer Sofie Knox personlig, og de starter da med diskusjoner og prater filosofi gjennom hele renessansen og opplysningstiden. I mellomtiden tygger skilpadden trofast på sine salatblader, mor stikker hodet inn og spør om Sofie ikke har forelsket seg, sokker kommer og går, og Sofie aner at virkeligheten i virkeligheten er større. Romanen om Sofie og fagboka om de store filosofer glir etter hvert i hverandre. En rekke mystiske og ubesvarte spørsmål dukker opp for Sofie, mest om en annen jente på samme alder med en far i Libanon.
