Krabat baserer seg på en fortelling fra 1600-tallet. Hovedpersonen, Krabat, er en 14 år gammel tiggergutt som trekkes inn i et eventyr der spenning knyttet til drømmer og svart magi bærer mye av handlingen. Krabat lærer seg tryllekunster, og etter at bestevennen Tonda er død, er det mye som står på spill for ham. Dermed kaster han seg inn i en kamp mot de onde kreftene, og alt er duket for at eventyret skal bli så fantastisk som bare eventyr kan være.