Etter hvert som vi blir eldre - og mest av alt i det vi husker og det vi drømmer - lever vi i fortiden. Noen ganger kan vi leve mer levende i fortiden enn gjennom livet i dag. På sine eldre dager reiser Juan Diego til Filippinene, men det som reiser med ham, er hans drømmer og minner; han er mest levende i sin barndom og tidlig ungdom i Mexico. Avenue of mysteries er historien om hva som skjer med Juan Diego på Filippinene og hvordan det som skjedde med ham i fortiden i Mexico kolliderer med fremtiden.